層流手術(shù)室的空氣凈化系統本身并沒(méi)有殺菌（fungus)功能，它是通過(guò)過(guò)濾塵埃極大限度地消除特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛附著(zhù)的載體，而殘存的浮游菌及其他感染手術(shù)遺留的致病菌還會(huì )附著(zhù)在醫療器具的表面及空氣中。手術(shù)室凈化采用空氣潔凈技術(shù)對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環(huán)境中空氣潔凈度適于各類(lèi)手術(shù)之要求；并提供適宜的溫、濕度，創(chuàng )造一個(gè)潔凈舒適的手術(shù)空間環(huán)境。由于手術(shù)室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術(shù)室的重要驗收指標。鑒于目前百級以下的層流手術(shù)室多采用亂流潔凈室設計，所以還存在氣流循環(huán)（continue)死角，是手術(shù)室致污原因之一。
手術(shù)床墊、體位墊與手術(shù)病人接觸機會(huì )最多，術(shù)中體腔內滲出液、膿液、血液最易遺留在手術(shù)床墊及體位墊上，屬于高度危險品。手術(shù)室凈化由于歐美手術(shù)室潔凈標準與中國環(huán)境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業(yè)標準都普遍難于確保手術(shù)室凈化的長(cháng)期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質(zhì)量方面出現了明顯的檔次劃分。一些知名凈化工程公司，在通行標準之外，基本都設有自身執行的高于國際化通行標準的凈化指標。凈化手術(shù)室各手術(shù)室空氣凈化系統在手術(shù)室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風(fēng)機、排風(fēng)機都設有不同級別的過(guò)濾器，并對其進(jìn)行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內空氣的無(wú)菌。另外，手術(shù)間踏腳凳是醫護人員術(shù)中腳踩的矮凳，多為木制，由于鞋底頻繁（frequency)接觸地面，因此污染機會(huì )較多，加之踏腳凳底部常被沖洗體腔的液體沾濕，利于特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛生長(cháng)。
接送患者的推車(chē)同時(shí)出入有菌（fungus)區、無(wú)菌(意思:沒(méi)有活菌)區和清潔區，將大量的特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區，而外出的推車(chē)又將病房的特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區，推車(chē)上的被褥也常被手術(shù)病人的血跡、引流物污染，其他病人繼續使用時(shí)就會(huì )成為污染源。
手術(shù)室拖布是特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)滋生源和傳播病菌的載體。由于長(cháng)年潮濕加之拖布中間的缺氧(Oxygen)環(huán)境，極利于厭氧菌和銅(化學(xué)式Cu)綠假單胞菌的生長(cháng)。用于清潔層流手術(shù)室地面時(shí)，勢必造成地面嚴重污染。洗器械的水池也是手術(shù)室細菌的滋生源，感染手術(shù)后的器械雖規定先用消毒液浸泡后清洗，但總有殘留的致病菌污染水池表面及下水孔周?chē)?，再清洗其他物品時(shí)就會(huì )將細菌傳播到別處。